在白酒生产中，必然会产生一些有害杂质，有些是原料带入的，有些是在发酵过程中产生的。对于这些有害物质，必须采取措施，降低它们在白酒中的含量。
为了保证消费者的身体健康，我国有关部门对于白酒中的甲醇、醛类、杂醇油、氯化物、铅、二氧化硫、黄曲霉毒素、农药残留等有害物质的含量，都做出了不允许超过的标准。每一种酒生产出来后，要经过有关部门检验，各项卫生指标符合要求，才能投放市场。
1、甲醇的消除
甲醇产生的数量与制酒原料有密切关系，为了降低白酒的甲醇含量，可采取以下措施:
选择原料时，过熟的或腐败的水果、薯类以及野生植物(如橡子)，因其果胶霉含量较高，用这些原料来酿酒，甲醇含量会高，因此应选择含果胶霉少的原料来酸酒，以降低甲醇的含量。
使用黑曲作糖化剂时，由于黑曲霉所含果胶质较多，因此成品酒的甲醇含量也高。若使用黄曲作糖化剂，由于它所含果胶酶少，因而成品酒的甲醇含量也低。利用甲醇在酒精浓度高时易于分离的特点，可通过增加塔板数或提高回流比的方法，提高酒精浓度，把甲醇从酒精中提取出来。蒸时，若控制回流比在1:10～1:20，可把甲醇分离出来。
2、醛类的消除
为降低醛类含量，白酒生产中应少用谷糠、稻壳，或对辅料预先进行清蒸处理。在蒸酒时，严格控制流酒温度，进行掐头去尾，以降低酒中总醛的含量。
3、杂醇油的消除
杂醇油的沸点一般高于乙醇(乙醇沸点为78℃，丙醇为97℃，异戊醇为131℃)，在白酒蒸馏时，应掌握温度，进行掐头去尾，减少成品酒的杂醇油含量。
4、铅的消除
为了降低白酒的含铅量，要尽量使用不含铅的金属容器来盛酒或制作器具设备。同时要加强生产管理，避免产酸菌的污染，因为酒的酸度越高，铅的溶蚀作用越大。对于含铅量过高的白酒，可利用生石膏或麸皮进行脱铅处理，使酒中的铅盐凝集而共同析出。在白酒中加入0.2％的生石膏或麩皮，搅拌均匀，静置1小时后再用多层绒布过滤，也能除去酒中的铅，但这样处理会使酒的风味受到影响，需再进行调味。现阶段我国白酒行业已经淘汰锡制冷却设备，因此铅在白酒中应该是没有的。
